Modul Segmentierung erlaubt in den Einzelschritten [Kronen segmentieren], [Kronen separieren], [Kronen vervollständigen] und [Referenzpunkte prüfen] das Identifizieren der zu einer Zahnkrone gehörigen Bereiche einer geschlossenen Scans-Oberfläche sowie deren Zusammenfassung und Vervollständigung als separates 3D-Zahnobjekt durch Ergänzen der vom Scanner nicht erfassten Kontakt- und Wurzelbereiche.
Zusätzlich werden den Kronen dabei Referenzpunkte zugeordnet, die ein individuelles Kronenkoordinatensystem bilden und in den Diagnose- und Planungsmodulen verwendet werden. Außerdem wird der Weichteilkiefer so vernetzt, dass die Auswirkung von Zahnbewegungen auf den Gingivabereich simulieren werden kann.